农业工程是自治区第一批双一流建设学科，已建成“产学研”一体化的科研和人才培养基地，并形成了一套完整的“学士-硕士-博士-博士后”人才培养体系。农业工程学科主要涉及到水利与土木建筑工程、机电工程、计算机与信息工程3个学院，拥有农业工程博士后科研流动站1个，由农业机械化工程、农业水土工程、农业电气化与自动化、农业生物环境与能源工程和农业信息技术5个二级学科博士点组成。其中农业水土工程是国家重点培育学科，农业机械化工程、农业电气化与自动化和农业水土工程学科均为内蒙古自治区重点学科。学科现有自治区重点实验室1个、工程中心3个和学科平台7个，学科设备7176余万元。学科师资力量雄厚，学术梯队组成结构合理，具有博士学位教师45人，现有教授31名，博士导师19名，硕士导师31名。拥有国务院特殊津贴专家2人、“草原英才”工程人选5人、自治区“321人才工程”第一层次人选2人、第二层次2人、内蒙古高等教育人才培养“111工程”第二层次2人、内蒙古有突出贡献的中青年专家3人、自治区高等学校“青年科技领军人才1人、自治区高等学校“青年科技骨干”1人、自治区教学名师1人并拥有8个省级科技创新及教学团队。

近五年，共承担科研项目97项，主要包括国家自然科学基金重点项目1项、国家国际科技合作项目1项、国家重点研发计划项目3项、科技部“十三五”规划重大专项子项目1项。国家自然科学基金41项公益性行业(农业)科研专项1项，内蒙古自治区科技重大专项2项内蒙古杰出青年自然科学基金1项、内蒙古科技计划重点项目3项、国家博士后特别资助1项内蒙古科技创新引导奖励资金项目6项、内蒙古科技成果转化项目2项，内蒙古自然科学基金29项等，总经费8700余万元。在国内外学术期刊发表科研论文619篇，其中SCI收录93篇(一区SCI论文17篇，二区SCI论文33篇，) I收录160篇。出版学术专著16部获批国家发明专利17项，实用新型专利 87项，软件著作权35项。获教育部高校科研成果奖一等奖1项、获省部级科技进步一等奖5项、内蒙古自治区科技进步二等奖3项、三等奖3项;国家节水奖一等奖2项;内蒙古自治区农牧业丰收二等奖2项，三等奖1项;自治区优秀教学成果一等奖1项。二等奖2项:“十五”林业科技责献一等奖1项。截止2021年

共计培养博士214名，硕士研究生533名。