水利工程学科由武汉水利电力学院、清华大学等学校的教师与优秀毕业生于1958年支边高起点创建，2000～2006年水文学及水资源、水工结构工程、水利水电工程二级学科硕士点先后获批，2008年获批水利工程一级学科硕士点，2003年、2012年在农业工程学科下自设农业水工建筑物、农业水资源利用与保护二级学科博士点，2018年获批水利工程一级学科博士点，2019年获批水利工程博士后科研流动站。水文学及水资源、水工结构工程为自治区重点、重点（培育）学科。水文与水资源工程、水利水电工程、测绘工程为国家一流专业建设点，均通过专业认证，其中水文与水资源工程三次通过专业认证。学科现有专任教师78人，其中博士学历55人，博士生导师21人。有全国五一劳动奖章获得者，自治区优秀教师、优秀教育工作者等21人；有国务院特贴、国家万人计划领军人才、新世纪优秀人才支持计划、新世纪百千万人才国家级人选、中科院西部之光人才6人次；有自治区草原英才领军人才、突出贡献中青年专家、杰青、草原英才、321人才、青年科技领军英才19人次。获全国党建工作标杆院系、全国高校百个研究生样板党支部等5个荣誉。拥有国家生态定位站、自治区重点实验室和工程中心、科技部、教育部创新团队等平台16个。形成了寒旱区生态水文过程与水资源高效利用、河湖湿地水环境演变与水生态修复、寒旱区水工材料及其冻害防治、寒区河冰过程及灾害控制、寒旱区农业水利与信息化技术等五个稳定的研究方向，在生态水文过程、年轮水文气候学、污染物迁移转化、水工新材料、黄河冰水沙输移与防凌减灾等方面具有鲜明区域特色和优势。

十三五以来，学科立项国家级科研项目73项，经费1.01亿元，其中国家重点研发计划重点专项项目4项、课题3项，国家自然科学基金重点项目1项、重点国合1项、青年地区面上项目50项、合作交流项目2项、协作项目1项。立项省部级科研项目85项，经费9080万元。发表论文500余篇，其中SCI、EI收录150余篇。授权发明专利26项，出版专著7部、教材6部，制定标准3项。获科技奖励13项，其中教育部等省部级科技进步和自然科学一等奖3项、二等奖5项，教学成果一等奖1项、二等奖3项。

积极参与北方生态屏障、引绰济辽等国家重大工程建设，实施成果转化，十三五以来，开展水资源论证与评价、河湖冰情监控与评估、水工新材料研发等社会服务项目267项，总经费9150万元。承办全国“水科学发展论坛”等会议，举办全区河湖长制培训6期1200余人，承担商务部蒙古等6国8次培训200余人。